Sinode Gereja Bagian Mandiri

Gereja Masehi Injili di Minahasa
berdiri 30 September 1934, dengan wilayah pelayanan mencakup kawasan Keresidenan Manado

Gereja Protestan Maluku
berdiri 6 September 1935, dengan wilayah pelayanan mencakup kawasan Keresidenan Molukken.

Gereja Masehi Injili di Timor
berdiri 31 Oktober 1947, dengan wilayah pelayanan mencakup kawasan Keresidenan Timor en Onderhoorigheden

Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat
berdiri 31 Oktober 1948, dengan wilayah pelayanan mencakup kawasan Barat, di luar wilayah GMIM, GPM dan GMIT.

Gereja Protestan Indonesia Donggala
mandiri secara resmi pada 4 April 1965, dimekarkan dari Sinode GMIM

Gereja Protestan Indonesia di Buol Tolitoli
mandiri secara resmi pada 18 April 1965, dimekarkan dari Sinode GMIM

Gereja Protestan Indonesia di Gorontalo
mandiri secara resmi pada 18 Juli 1965, dimekarkan dari Sinode GMIM

Gereja Kristen di Luwuk Banggai
berdiri 27 Januari 1966, dimekarkan dari Sinode GKST

Gereja Protestan Indonesia di Papua
berdiri 25 Mei 1985, dimekarkan dari Sinode GPM

Gereja Protestan Indonesia di Banggai Kepulauan
berdiri 3 Februari 2000, dimekarkan dari Sinode GKLB

Indonesian Evangelical Christian Church
menjadi bagian dari GBM GPI pada tahun 1998.

Gereja Masehi Injili Talaud
berdiri 23 Oktober 1997, dimekarkan dari Sinode GMIST. Menjadi bagian dari GBM GPI pada tahun 2002