Sinode Am Gereja Protestan di Indonesia (GPI) terdiri dari duabelas (12) Sinode Gereja Bagian Mandiri (GBM).
Baik Sinode Am GPI maupun Sinode GBM, masing-masing memiliki otonomi untuk menjalin dan membangun kerjasama dengan berbagai gereja, lembaga pelayanan, korporasi maupun lembaga/ badan pemerintahan.
Beberapa Lembaga/ Organisasi yang saat ini sedang menjalin kerjasama dengan Sinode Am Gereja Protestan di Indonesia adalah sebagai berikut: